Kristiansund skipperforening reiste kravet om et fyr ved Kråkenes i 1892, og saken ble igjen tatt opp i 1904, da ble det bevilget midler til bygging. Kråkenes fyr ble ferdigstilt og tent 1. oktober 1906. Kråkenes fyr ble ødelagt ved beskyting og bombing under andre verdenskrig. En provisorisk fyrlykt ble satt opp i 1946, nytt fyr stod ferdigbygd i 1950. Fyret ble automatisert i 1986 og avfolket i 1993.[1]
Fyret har en egen værstasjon som sender dataene sine til Meteorologisk institutt.
I 1997 ble det åpnet en kafé i fyret. 1. januar 2019 tok Ytre Nordfjord Turlag over driften av fyret.[2]
